基于序列的蛋白質(zhì)-藥物相互作用預(yù)測研究.pdf

1、蛋白質(zhì)是生命科學(xué)和醫(yī)藥化學(xué)中一類重要的有機(jī)大分子，蛋白質(zhì)擔(dān)負(fù)著各種生理功能，是生命活動(dòng)的重要承擔(dān)者。因此研究蛋白質(zhì)與藥物之間相互作用機(jī)制，對于促進(jìn)人類健康具有十分重要的意義。
　　蛋白質(zhì)(Protein)與藥物(Drug)相互作用的識別在研究基因組藥物過程中起著關(guān)鍵的作用。傳統(tǒng)的生物實(shí)驗(yàn)方法確定蛋白質(zhì)與藥物相互作用，從時(shí)間和費(fèi)用兩個(gè)方面來說代價(jià)都是昂貴的。因此，利用模式識別技術(shù)，直接從蛋白質(zhì)序列出發(fā)預(yù)測蛋白質(zhì)與藥物相互作用就成了一

2、項(xiàng)重要的工作。
　　本文提出了一種基于序列的蛋白質(zhì)-藥物相互作用預(yù)測方法:從蛋白質(zhì)序列出發(fā)提取了進(jìn)化信息PSSM_ACT特征和偽氨基酸組成(PseAAC)特征，從藥物分子結(jié)構(gòu)出發(fā)提取了分子指紋特征，并對分子指紋特征分別進(jìn)行了離散傅里葉變換和離散小波變換，然后通過特征組合方法將蛋白質(zhì)特征和藥物特征組合為不同蛋白質(zhì)-藥物對向量作為訓(xùn)練樣本。在預(yù)測階段，采用基于證據(jù)理論K近鄰、支持向量機(jī)(SVM)和隨機(jī)森林(RandomForest)計(jì)