魚(yú)源無(wú)乳鏈球菌轉(zhuǎn)錄組分析及其毒力相關(guān)基因篩選和sRNA預(yù)測(cè).pdf

1、無(wú)乳鏈球菌是革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌，屬于B族鏈球菌（Group B Streptococcus, GBS），是引起我國(guó)南方地區(qū)羅非魚(yú)鏈球菌病的主要病原菌之一。近年來(lái)，羅非魚(yú)鏈球菌病頻繁發(fā)生，使我國(guó)水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)遭受了巨大的經(jīng)濟(jì)損失，因此，對(duì)無(wú)乳鏈球菌的防治和研究迫在眉睫。研究表明，無(wú)乳鏈球菌的毒力受到溫度的調(diào)控，在水溫超過(guò)35℃時(shí)能引起羅非魚(yú)鏈球菌病的暴發(fā)和流行。
　　為了研究篩選魚(yú)源無(wú)乳鏈球菌毒力相關(guān)基因，以不同溫度（25℃和37℃）下培養(yǎng)

2、的無(wú)乳鏈球菌ZQ0910為研究對(duì)象，將該菌在25℃和37℃下分別培養(yǎng)至對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期，然后對(duì)這兩個(gè)樣品進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。通過(guò)對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析篩選無(wú)乳鏈球菌毒力相關(guān)基因和預(yù)測(cè)sRNA;并通過(guò)熒光定量PCR技術(shù)對(duì)篩選得到的毒力相關(guān)基因的表達(dá)水平進(jìn)行驗(yàn)證;利用RT-PCR方法對(duì)預(yù)測(cè)的部分sRNA進(jìn)行驗(yàn)證。其結(jié)果為研究魚(yú)源無(wú)乳鏈球菌的毒力基因功能及sRNA的調(diào)控機(jī)制提供了重要線索。具體研究?jī)?nèi)容如下:
　　1.將25℃和37℃下分別培養(yǎng)的無(wú)乳鏈球

3、菌樣本進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析，結(jié)果表明37℃樣本(Test)基因表達(dá)總數(shù)為1929條，25℃樣本(CK)基因表達(dá)總數(shù)是1935條。樣品間表達(dá)顯著差異基因總數(shù)為673條，顯著上調(diào)差異基因146條，顯著下調(diào)差異基因527條。Pathway富集分析表明，1215條基因注釋到KEGG的105條通路上，包含447個(gè)顯著性差異基因;其中顯著富集通路有40條，差異最顯著的通路包括代謝相關(guān)的通路、生物合成相關(guān)通路、修復(fù)相關(guān)通路和信號(hào)通路等。
　　2.

4、從無(wú)乳鏈球菌轉(zhuǎn)錄組中篩選到7個(gè)毒力相關(guān)基因，即cylI、cylA、cylK、cylJ、cylG、sodA和PI-2b。首先，對(duì)7個(gè)毒力相關(guān)基因克隆并進(jìn)行生物信息分析，然后，利用熒光定量PCR進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果顯示:7個(gè)毒力相關(guān)基因都能夠克隆到全長(zhǎng);7個(gè)基因的熒光定量結(jié)果與轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果的表達(dá)趨勢(shì)一致，只是相對(duì)表達(dá)量的倍數(shù)有所差異。總的來(lái)說(shuō)，轉(zhuǎn)錄組結(jié)果的可靠性較高。
　　3.從無(wú)乳鏈球菌轉(zhuǎn)錄組中預(yù)測(cè)到sRNA167條，對(duì)部分預(yù)測(cè)的sRN