Pre-miRNA基因單核苷酸多態(tài)性與系統(tǒng)性紅斑狼瘡遺傳易感性的關(guān)聯(lián)研究.pdf

1、研究背景:
　　系統(tǒng)性紅斑狼瘡(systemiclupuserythematosus,SLE)是一種臨床表現(xiàn)多樣、累及全身多器官、病程遷延反復(fù)的典型的自身免疫性疾病,血清中以抗核抗體為代表的多種自身抗體的出現(xiàn)是SLE患者的突出表現(xiàn)。SLE的病因和發(fā)病機(jī)制較為復(fù)雜,目前尚未完全闡明,也無特異的治療方法,患者生存質(zhì)量差、病死率高。
　　已有研究表明,同卵雙生子和異卵雙生子的疾病一致率差異較大,提示遺傳因素在SLE發(fā)病中發(fā)揮重要作

2、用,多項研究已發(fā)現(xiàn)并確證了多個SLE的易感基因或區(qū)域,如BANK1、BLK、IRF5、ITGAM、STATA4、HLA區(qū)域、1q23、1q25-31、2q35-37、6q21、6p11-21、12q24、16q12、22q11.21等。而環(huán)境因素在SLE的發(fā)病中也不容忽視,遺傳和環(huán)境共同作用導(dǎo)致機(jī)體固有免疫和適應(yīng)性免疫紊亂,最終導(dǎo)致SLE的發(fā)生。
　　近年來,越來越多的研究關(guān)注于微小RNA(microRNA,miRNA)在疾病發(fā)生

3、發(fā)展中的作用。MiRNAs是一類約22nt的、具有調(diào)控功能的、高度保守的內(nèi)源性非編碼RNA,它們主要通過與靶mRNA3′端的非翻譯區(qū)(untranslatedregions,UTR)不完全性互補(bǔ)配對來抑制mRNA的翻譯,介導(dǎo)轉(zhuǎn)錄后基因調(diào)控,具有廣泛的生物學(xué)功能。
　　多項研究表明miRNA在SLE患者和正常對照中存在表達(dá)差異,miRNA在SLE的發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮著重要作用。MiRNAs整體的成熟受限可以導(dǎo)致細(xì)胞的惡性轉(zhuǎn)化,而前體mi

4、RNAs上的遺傳突變可以導(dǎo)致miRNAs由前體向成熟的轉(zhuǎn)化受到限制,從而影響miRNAs的表達(dá),進(jìn)而影響下游mRNA的表達(dá)、轉(zhuǎn)錄后基因調(diào)控等,最終影響疾病的發(fā)生、發(fā)展和預(yù)后。
　　鑒于miRNA功能的重要性,人們認(rèn)為位于miRNA基因區(qū)域內(nèi)的單核苷酸多態(tài)性(singlenucleotidepolymorphisms,SNP)可能會影響miRNA的功能,進(jìn)而會影響疾病的易感性。近年來,已有研究發(fā)現(xiàn)miRNA前體區(qū)域內(nèi)的基因SNPs與

5、克羅恩病、潰瘍性結(jié)腸炎等自身免疫疾病、肝癌、肺癌、結(jié)直腸癌等腫瘤以及哮喘和先天性心臟病等的遺傳易感性有關(guān)。
　　以上證據(jù)顯示,miRNA基因前體區(qū)域的遺傳突變在SLE的發(fā)生發(fā)展中可能發(fā)揮著重要作用。本研究擬采用病例對照研究,利用SequenomMassArray?SNP檢測技術(shù),檢測SLE患者和正常對照pre-miRNA基因區(qū)域內(nèi)的SNPs,探討其與SLE遺傳易感性的關(guān)系。本課題的完成將有助于闡明pre-miRNA基因區(qū)域的遺傳突

6、變在SLE發(fā)病中的作用,進(jìn)一步揭示SLE的發(fā)病機(jī)制,并為尋找SLE新的診斷和治療靶點提供科學(xué)依據(jù)。
　　目的:
　　比較SLE患者和正常對照之間、狼瘡腎炎(lupusnephritis,LN)患者和SLE未合并腎炎患者之間以及SLE患者出現(xiàn)某種首發(fā)癥狀和未出現(xiàn)某種首發(fā)癥狀之間hsa-miRNA-146a、hsa-miRNA-149和hsa-miRNA-196a2前體區(qū)域的多態(tài)性位點rs2910164、rs2292832和rs

7、11614913等位基因和基因型頻率分布的差異,探討miRNA基因前體區(qū)域單核苷酸多態(tài)性與系統(tǒng)性紅斑狼瘡遺傳易感性關(guān)聯(lián)。
　　方法:
　　SLE患者為安徽醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院風(fēng)濕免疫科和安徽省立醫(yī)院風(fēng)濕免疫科的門診和住院患者,所有患者均符合1997年美國風(fēng)濕病學(xué)會修訂的SLE分類標(biāo)準(zhǔn)并由兩名副主任以上級別的?？漆t(yī)生確診,共1479例。LN患者的診斷符合SLE分類標(biāo)準(zhǔn)的同時,有持續(xù)2周以上不同程度的腎損害表現(xiàn),如血尿、膿尿、蛋

8、白尿、氮質(zhì)血癥等。對照為不具備SLE診斷標(biāo)準(zhǔn)中的任何一條、本人及其直系親屬無自身免疫性疾病史、最近一個月內(nèi)身體健康,未使用激素和免疫抑制劑等藥物、以及無重大疾病史的健康志愿者,共2268例。在獲取研究對象知情同意后采用自行設(shè)計的問卷進(jìn)行調(diào)查,同時抽取5ml外周靜脈血,提取基因組DNA。利用SequenomMassArray?SNP檢測技術(shù)對研究對象pre-miRNA區(qū)域的SNPs進(jìn)行分型檢測。
　　數(shù)據(jù)錄入采用EpiData3.0

9、軟件,建立數(shù)據(jù)庫,雙重錄入并檢錯;統(tǒng)計分析采用SPSS10.01軟件,符合正態(tài)分布的定量資料采用均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差表示,χ2檢驗用于計數(shù)資料的分析,t檢驗用于兩組間計量資料的分析,Logistic回歸分析用于計算校正性別、年齡等因素后的OR值和P值;哈迪-溫伯格平衡(Hardy-Weinbergequilibrium,HWE)的計算采用Stata10.0軟件;單倍型分析采用在線遺傳分析軟件SHEsis;應(yīng)用PowerandSampleSize

10、Calculation3.0軟件計算SNPs的把握度。檢驗水準(zhǔn)a=0.05。
　　結(jié)果:
　　(1)HWE檢驗3個SNPs位點rs2910164、rs2292832和rs11614913基因型頻率在SLE病例組和對照組中均已達(dá)到遺傳平衡(rs2910164對照組:c2=1.179,P=0.278,病例組:c2=0.392,P=0.531;rs2292832對照組:c2=0.096,P=0.757,病例組:c2=0.652,P

11、=0.419;rs11614913對照組:c2=0.080,P=0.777,病例組:c2=0.450,P=0.502)。
　　(2)Pre-miRNA基因單核苷酸多態(tài)性與SLE遺傳易感性的關(guān)聯(lián)Hsa-miRNA-146a基因rs2910164位點GG、GC和CC三種基因型頻率在1479例SLE患者組中分別為262例(17.7％)、707例(47.8%)和510例(34.5%),在2268例對照組中分別為416例(18.3%)、10

12、81例(47.7%)和771例(34.0%),該位點的等位基因和基因型頻率在病例組和對照組中差異均無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05);hsa-miRNA-149基因rs2292832位點CC、CT和TT三種基因型頻率在SLE患者組中分別為159例(10.8%)、631例(42.7%)和689例(46.6%),在對照組中分別為234例(10.3%)、979例(43.2%)和1055例(46.5%),兩組的等位基因和基因型頻率差異均無統(tǒng)計學(xué)意義(

13、P>0.05);hsa-miRNA-196a2基因rs11614913位點CC、CT和TT三種基因型頻率在SLE患者組中分別為309例(20.9%)、720例(48.7%)和450例(30.4%),對照組中分別為486例(21.4%)、1135例(50.0%)和647例(28.5%),兩組的等位基因和基因型頻率差異均無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05)。
　　(3)Pre-miRNA基因單核苷酸多態(tài)性與LN的關(guān)系在1392例有是否為LN資

14、料的SLE患者中,LN患者557例,占40.0%,非LN患者835例,占60.0%。Hsa-miRNA-146a基因rs2910164位點GG、GC和CC基因型頻率在LN患者組分別為14.9%、46.9%和38.2%,在非LN患者組分別為19.3%、48.5%和32.2%,LN患者組與非LN患者組等位基因和基因型頻率差異均有統(tǒng)計學(xué)意義(Cvs.G:χ2=7.453,P=0.006,OR=1.240,95%CI:1.063-1.448;C

15、Cvs.GG:χ2=7.860,P=0.005,OR=1.621,95%CI:1.156-2.272;GC+CCvs.GG:χ2=4.958,P=0.026,OR=1.416,95%CI:1.043-1.924);hsa-miRNA-149基因rs2292832位點CC、CT和TT基因型頻率在LN患者組分別為9.7%、40.0%和50.3%,在非LN患者組分別為12.0%、45.9%和42.2%,LN患者組與非LN患者組等位基因頻率差異

16、有統(tǒng)計學(xué)意義(Tvs.C:χ2=8.186,P=0.004,OR=1.269,95%CI:1.078-1.494),兩組基因型頻率比較提示純合突變基因型TT為LN的風(fēng)險基因型(TTvs.CC:χ2=4.560,P=0.033,OR=1.517,95%CI:1.035-2.225);hsa-miRNA-196a2基因rs11614913位點CC、CT和TT基因型頻率在LN組分別為22.1%、49.6%和28.4%,非LN患者組分別為20.

17、0%、48.1%和31.9%,LN患者組與非LN患者組等位基因和基因型頻率差異均無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05)。
　　(4)Pre-miRNA基因單核苷酸多態(tài)性與SLE患者首發(fā)癥狀的關(guān)系在成功分型的1479例SLE患者中首發(fā)癥狀資料齊全的有1382例(93.4%),分析9種主要首發(fā)癥狀(顴部紅斑、盤狀紅斑、光敏感、口腔潰瘍、關(guān)節(jié)炎、胸腺炎、心包炎、腎損害和神經(jīng)系統(tǒng)異常)與3個SNPs位點的關(guān)系發(fā)現(xiàn):hsa-miRNA-146a基因r

18、s2910164位點與SLE患者首發(fā)癥狀的關(guān)節(jié)炎(GCvs.GG:χ2=4.809,P=0.028,OR=1.423,95%CI:1.038-1.950;GC+CCvs.GG:χ2=4.583,P=0.032,OR=1.383,95%CI:1.028-1.860)和腎損害(Cvs.G:χ2=7.973,P=0.005,OR=1.548,95%CI:1.141-2.101;GCvs.GG:χ2=5.167,P=0.023,OR=2.596

19、,95%CI:1.140-5.910;CCvs.GG:χ2=7.915,P=0.005,OR=3.295,95%CI:1.436-7.561;GC+CCvs.GG:χ2=6.809,P=0.009,OR=2.887,95%CI:1.302-6.402)有關(guān),與其他首發(fā)癥狀均無關(guān);hsa-miRNA-149基因rs2292832多態(tài)性與SLE患者9種主要首發(fā)癥狀間均不存在統(tǒng)計學(xué)關(guān)聯(lián);hsa-miRNA-196a2基因rs11614913多

20、態(tài)性與SLE患者首發(fā)關(guān)節(jié)炎(Tvs.C:χ2=4.580,P=0.032,OR=0.849,95%CI:0.731-0.986;TTvs.CC:χ2=4.273,P=0.039,OR=0.715,95%CI:0.521-0.983)有關(guān),與其他首發(fā)癥狀均不存在統(tǒng)計學(xué)關(guān)聯(lián)。
　　(5)Pre-miRNA基因單倍型分析本研究對3個hsa-miRNA前體區(qū)域的多態(tài)性位點rs2910164-rs2292832-rs11614913進(jìn)行了單

21、倍型分析,構(gòu)建了8個單倍型,分別為CCC、CCT、CTC、CTT、GCC、GCT、GTC和GTT,其頻率分布在SLE患者組和對照組間差異均無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05)。
　　(6)Pre-miRNA基因交互作用分析本研究對3個hsa-miRNA前體區(qū)域內(nèi)的多態(tài)性位點rs2910164、rs2292832和rs11614913進(jìn)行了兩兩交互作用分析,結(jié)果未發(fā)現(xiàn)pre-miRNASNPs在SLE和LN中存在交互作用。
　　結(jié)論:

22、
　　(1)Hsa-miRNA-146a、hsa-miRNA-149和hsa-miRNA-196a2前體區(qū)域內(nèi)的SNPsrs2910164、rs2292832和rs11614913及其構(gòu)建的單倍型與中國人群SLE的遺傳易感性無關(guān),且未發(fā)現(xiàn)基因間存在交互作用。
　　(2)Hsa-miRNA-146a和hsa-miRNA-149前體區(qū)域的多態(tài)性位點rs2910164和rs2292832與中國人群LN的遺傳易感性有關(guān),但未發(fā)現(xiàn)基因