下一代測(cè)序技術(shù)在十二例三陰性乳腺癌全外顯組測(cè)序的初步研究.pdf

1、目的:應(yīng)用下一代測(cè)序技術(shù)研究12例中國(guó)三陰性乳腺癌全外顯組序列，尋找致病基因，為進(jìn)一步認(rèn)識(shí)三陰性乳腺癌發(fā)病機(jī)制，探尋中國(guó)三陰性乳腺癌生物學(xué)特性，尋找新的治療靶標(biāo)提供方向。
　　方法:收集湘雅醫(yī)院12例確診三陰性乳腺癌患者手術(shù)標(biāo)本及正常乳腺組織，提取gDNA后制作文庫(kù)。采用下一代測(cè)序技術(shù)進(jìn)行全外顯組測(cè)序，生物信息學(xué)分析測(cè)序結(jié)果，以正常組織測(cè)序結(jié)果為背景，篩選腫瘤組織特有表達(dá)的可能致病基因。
　　結(jié)果:1.從24個(gè)樣本提取的gD

2、NA濃度、質(zhì)量均滿足制作文庫(kù)要求。2.制作完成的文庫(kù)符合質(zhì)量控制要求，可上機(jī)測(cè)序。3.生物信息學(xué)分析顯示24個(gè)樣本Raw Reads大約都在2億左右，可map回參考人類基因組(hg19)的Reads占98％以上，而其中60-70％可比對(duì)回Nimblegen系統(tǒng)所設(shè)計(jì)的目標(biāo)序列。測(cè)序所得序列可覆蓋97％以上的目標(biāo)序列，仍有3％左右的目標(biāo)序列沒(méi)有被測(cè)出。所有樣本中重復(fù)測(cè)序次數(shù)＞10次以上的reads占到所有reads的93％以上。4.本實(shí)驗(yàn)

3、一共篩選出635個(gè)體細(xì)胞單點(diǎn)突變基因，主要體細(xì)胞單點(diǎn)突變基因有PIK3CA、TUBGCP3、OBSCN、TTN、TP53、LRP1B，其他發(fā)生頻率為2的單點(diǎn)突變有23個(gè)。5.本實(shí)驗(yàn)一共篩選出291個(gè)體細(xì)胞得失位突變基因，主要得失位突變基因有NUDT10、CTBP2、TP53、TNRC6B、MUC6、ATP2B2、LSM14A、FOXD4L1、RBMXL1、CUL4B、KMT2D，其他發(fā)生頻率為2的得失位突變基因有48個(gè)。
　　結(jié)論