中國野桑蠶線粒體基因組研究.pdf

1、西南農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文中國野桑蠶線粒體基因組研究姓名：夏玉玲申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：特種經(jīng)濟(jì)動物飼養(yǎng)指導(dǎo)教師：魯成2003.5.1(2)酶切圖譜：用15種限制酶酶切獲得52個位點，其中有24個TaqI和1個Pstl酶切位點與日本野桑蠶希I“夏芳”比較有較大的數(shù)目多態(tài)性和睦度多態(tài)性。(3)突變的比較：與日本野桑蠶比較，有23個編碼基因序列發(fā)生了突變，共349個突變位點，其中非編碼區(qū)占277個。與“夏芳”比較，有25個編碼基因序列發(fā)生了突

2、變。共285個突變位點，其中非編碼區(qū)136個突變。與日本野桑蠶和“夏芳”的轉(zhuǎn)換／顛換分別為I93和l84。(t)核苷酸的組成及堿基使用偏好性：基因組的堿基組成位于中等，AT含舒較高。、4中國野桑蠶mtDNA中各類基因的分析，，(1)蛋白質(zhì)編碼基因：共編碼了13個疏水蛋白質(zhì)，3715個氨基酸。5個起始子為ATG，，7個ATA，1個不明：12個終止子為TAA，1個不明。非極性氨基酸占主導(dǎo)地位，其次是極性不帶電的氨基酸。編碼線粒體DNA的基因

3、時存在較大的AT偏好性，且更偏好使用T堿基。密碼子的各位置組成中T和A含量較高G和C含量較低。(2)tRNA的組成及二級結(jié)構(gòu)預(yù)測：中國野桑蠶線粒體DNA序列與所比較的其他物種有所不同，包含了24個tRNA，有3個tRNASer，2個tRNA—lle和2個tffNA—Leu，其他17種tRNA都只有～個，并推測出各種二級結(jié)構(gòu)。有17對堿基錯配，3對難以匹配，還有1種有四個莖環(huán)結(jié)構(gòu)的tRNA(見圖13)。大多數(shù)密碼子序列與相應(yīng)的反密碼子不完

4、全匹配(3)rRNA基因及其二級結(jié)構(gòu)預(yù)測：有大小兩個rRNA，LrRNA和SrRNA，其長度分別是1350bp和784bp。這兩個基因與家蠶蛾科的其它各序列相比相似性最高，其次是果蠅和蚊子與人的相似性較低。在自由能最低時，LrRNA基因二級結(jié)構(gòu)有68個主干和69個環(huán)狀結(jié)構(gòu)組成：SrRNA基因二級結(jié)構(gòu)有9個主干和10個環(huán)狀結(jié)構(gòu)組成。j一。5中國野桑蠶線粒體基因組的系統(tǒng)分析。f(1)基于COl部分基因的系統(tǒng)分析發(fā)現(xiàn)：日本野桑蠶聚為一類，再與

5、中國安康地區(qū)野桑蠶和韓國野桑蠶聚為一類。中國鎮(zhèn)江的野桑蠶與家蠶品種C108聚在一起。其他家蠶品種聚為一類。(2)基于線粒體基因組和基因的基因樹構(gòu)建與分析發(fā)現(xiàn)：分別對6個材料(4個家蠶品種和2個野桑蠶)的線粒體基因組全序列、13個蛋白質(zhì)編碼基因、2個rRNA基因和1個非編碼區(qū)(即^T富集區(qū))進(jìn)行了分析，井用NJ法構(gòu)建了基因樹。從構(gòu)建的基因樹中可知，COl、COII、ATPase8、AT富集區(qū)、NDI、ND3、ND4L、ND5、COIII、

6、ATPase6的基因樹與全基因組的系統(tǒng)樹樹型基本一致。但在家蠶中也存在品種間的差異：在基因樹中還有一些基因，如cytb、ND2、ND4、ND6、LrRNA和SrRNA中野桑蠶雨f家蠶之間進(jìn)化規(guī)律不太清楚。由此而知，從線粒體角度可以證明家蠶與中國野桑蠶親緣關(guān)系較近由于線粒體基因的遺傳具有母性遺傳的特點，又由于野桑蠶只受自然環(huán)境作用家蠶品種受自然選擇和人工選擇的雙重作用從而系統(tǒng)演化過程表現(xiàn)出一定的差異。j；j7。1關(guān)溉罵辮掣猷m—tDNA，