LncRNA UCHL1-AS1對肝癌細(xì)胞生物學(xué)行為的影響及其相關(guān)蛋白網(wǎng)絡(luò)分析.pdf

1、目的:通過RNA干擾技術(shù)轉(zhuǎn)染人肝癌細(xì)胞株Bel-7402，進(jìn)一步運(yùn)用體外實(shí)驗(yàn)觀察過表達(dá)UCHL1-AS1基因?qū)Ω伟┘?xì)胞株增殖、凋亡、侵襲、遷移能力的影響，最后運(yùn)用生物信息學(xué)分析UCHL1-AS1相關(guān)蛋白及其蛋白作用網(wǎng)絡(luò)。
　　方法:
　　1、按慢病毒轉(zhuǎn)染說明書進(jìn)行操作，對人肝癌細(xì)胞株Bel-7402進(jìn)行UCHL1-AS1基因過表達(dá)轉(zhuǎn)染，轉(zhuǎn)染后用嘌呤霉素篩選穩(wěn)定轉(zhuǎn)染細(xì)胞株。將細(xì)胞分為三組，分別命名為實(shí)驗(yàn)組(LV-UCHL1-A

2、S1)、陰性對照組(LV-NC)和空白組（Control）進(jìn)行實(shí)驗(yàn)操作。qRT-PCR方法檢測實(shí)驗(yàn)組、陰性對照組的轉(zhuǎn)染效果。
　　2、MTT法、平板克隆形成實(shí)驗(yàn)檢測細(xì)胞增殖能力;流式細(xì)胞技術(shù)比較各組細(xì)胞的凋亡情況;Transwell實(shí)驗(yàn)觀察細(xì)胞運(yùn)動(dòng)能力。
　　3、運(yùn)用Starbase2.0在線軟件分析UCHL1-AS1基因及UCHL1基因的相關(guān)蛋白，再通過STRING在線軟件分析其蛋白基因的作用網(wǎng)絡(luò)圖，最后利用DAVID軟件

3、對網(wǎng)絡(luò)圖中相關(guān)基因進(jìn)行KEGG通路分析和GO富集分析。
　　結(jié)果:
　　1、qRT-PCR方法檢測細(xì)胞UCHL1-AS1基因在實(shí)驗(yàn)組的表達(dá)情況明顯高于陰性組，差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P＜0.05)。
　　2、MTT法結(jié)果顯示實(shí)驗(yàn)組細(xì)胞生長速度慢于陰性對照組和空白組，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P＜0.05)。平板克隆形成實(shí)驗(yàn)顯示，實(shí)驗(yàn)組細(xì)胞克隆形成率（8.0±1.7）％明顯低于陰性對照組（18.7±1.8）％和空白組（19.13±1

4、.19）％的克隆形成率，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(F=47.201，P＜0.001)。
　　3、流式細(xì)胞技術(shù)結(jié)果，實(shí)驗(yàn)組細(xì)胞的凋亡率為（0.51±0.07）％，陰性對照細(xì)胞的凋亡率（0.87±0.2）％，空白組細(xì)胞的凋亡率（4.95±0.84）％，實(shí)驗(yàn)組和陰性對照組分別與空白組相比，差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(F=72.323，P＜0.001)，實(shí)驗(yàn)組和陰性對照組相比，差異不具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P＞0.05)。
　　4、侵襲實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示，實(shí)驗(yàn)組

5、穿過聚碳酸酯膜的細(xì)胞數(shù)為（10±4.3個(gè)），空白組和陰性組分別為（86.3±5.5個(gè)）、（79.3±11.9個(gè)）。與其他兩組細(xì)胞相比，實(shí)驗(yàn)組細(xì)胞的侵襲能力減弱，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(F=83.605，P＜0.001)。
　　5、遷移實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示，實(shí)驗(yàn)組穿過聚碳酸酯膜的細(xì)胞數(shù)為（52.33±4.36個(gè)），空白組和陰性組分別為(97.11±14.41個(gè))、(87.78±4.76個(gè))。實(shí)驗(yàn)組比其他兩組細(xì)胞的侵襲能力減弱，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(F

6、=20.13，P=0.002)。
　　6、Starbase v2.0在線軟件分析結(jié)果顯示，elF4Alll基因分別與UCHL1-AS1基因和UCHL1基因存在相互作用。
　　7、STRING在線軟件作elF4Alll基因和UCHL1基因的蛋白作用網(wǎng)絡(luò)圖結(jié)果顯示:elF4Alll、CWC22、UBC、UPF3A、MAGOH、CASC3、SMG1、UPF1、EIF4G1、RNPS1、UPF3B基因存在相互作用;UCHL1、COP

7、S5、CDKN2A、TP53、UBA52、UBC、USP21、 UCHL1、KRT4、HSPA8、SP90AA1、SNCA基因存在相互作用。
　　8、elF4Alll基因相關(guān)蛋白KEGG通路分析結(jié)果顯示MAGOH、EIF4A3基因參與剪接體相關(guān)通路的過程，GO分析結(jié)果顯示elF4Alll、CWC22、UBC、UPF3A、MAGOH、CASC3、SMG1、UPF1、EIF4G1、RNPS1、UPF3B基因參與mRNA轉(zhuǎn)錄、mRNA核

8、運(yùn)輸、細(xì)胞大分子分解過程等生物進(jìn)程，定位于核漿和剪接體等細(xì)胞內(nèi)，具有RNA結(jié)合、依賴ATP的解螺旋酶活性等分子功能。UCHL1、COPS5、CDKN2A、TP53、UBA52、UBC、USP21、UCHL1、KRT4、HSPA8、SP90AA1、SNCA基因的KEGG通路分析顯示參與膀胱癌、非小細(xì)胞肺癌、膠質(zhì)瘤等疾病相關(guān)通路過程，GO分析結(jié)果顯示這些基因參與蛋白去泛素化、轉(zhuǎn)錄調(diào)控、基因表達(dá)調(diào)控等生物進(jìn)程，定位于細(xì)胞中的胞液、細(xì)胞器等部位

9、，具備泛素巰基酯酶活性和硫醇酯水解酶活性等分子功能。
　　結(jié)論:
　　1.UCHL1-AS1基因可抑制人肝癌細(xì)胞株Bel-7402的增殖及侵襲遷移能力，對細(xì)胞株凋亡無明顯影響。
　　2.UCHL1-AS1基因和UCHL1基因分別與elF4Alll基因存在相關(guān)作用。
　　3.elF4Alll基因與UCHL1基因分別同多個(gè)蛋白基因相互作用并構(gòu)成網(wǎng)絡(luò)圖，對下游基因進(jìn)行調(diào)控。
　　4.elF4Alll基因網(wǎng)絡(luò)圖中的