基于路徑相似性的蛋白質(zhì)復合物檢測方法.pdf

1、蛋白質(zhì)復合物的檢測對于研究細胞組成和細胞功能具有重要的意義。高通量實驗技術(shù)的出現(xiàn)產(chǎn)生的許多大規(guī)模的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，這為我們研究蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的拓撲結(jié)構(gòu)檢測蛋白質(zhì)復合物帶來了一個契機。然而，由于當前實驗方法的缺陷和生物體的復雜性，蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中存在著大量的假陽性和假陰性，這為準確地檢測蛋白質(zhì)復合物帶來了一些困難。近幾年，出現(xiàn)了很多檢測蛋白質(zhì)復合物的方法，蛋白質(zhì)復合物通常都被檢測為蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中一個稠密的子圖。

2、>　　本文提出了一個基于兩級路徑相似性的蛋白質(zhì)復合物檢測算法TLP（Two Level Paths）。兩級路徑相似性即為，兩簇蛋白質(zhì)之間存在直接相連路徑的概率和僅通過一個公共鄰居節(jié)點相連路徑的概率。用兩級路徑概率作為蛋白質(zhì)對之間的初始相似性，再利用層次聚類算法貪婪合并具有當前最大相似性的兩組蛋白質(zhì)且合并后的蛋白質(zhì)子圖密度滿足給定的閾值，合并蛋白質(zhì)簇之后重新計算其與周圍相鄰接的蛋白質(zhì)簇的兩級路徑相似性。直到圖中當前沒有符合合并條件的蛋白質(zhì)